EVA 00

Este foi o primeiro Evangelion construído pela NERV depois de muitas tentativas falhadas e muitos anos de pesquisa. Era as vezes referido como Modelo Protótipo. Ele tinha um só olho e o seu piloto designado era a 1ª Criança, Rei Ayanami. Originalmente, a Unidade 00 possuía uma pintura laranja. Depois de falhar a sua primeira activação, ele tornou-se instável. Ele foi controlado a partir do uso de baquelite e pela ejecção da entrada plug. Depois na segunda tentativa, a Unidade 00 foi activada com sucesso. No entanto, o 5º Angel, Ramiel apareceu sobre o QG da NERV. O teste de activação foi posto em prioridade máxima e como a Unidade 00 não estava preparada para combate, a Unidade 01 foi enviada para interceptar o Angel.
A Unidade 00 teve a sua primeira experiência de combate durante a Operação Yoshima. Este plano foi desenvolvido para destruir o 5º Angel usando uma espingarda de positrões de elevada potência. A Unidade 01 foi enviada como artilharia e a Unidade 00 esteve lá para protecção usando um escudo. A missão foi completada com sucesso e ambos os pilotos regressaram com vida. No entanto, a Unidade 00 susteve pesados danos na sua armadura devido ao sobreaquecimento causado pelo raio de energia disparado pelo inimigo. A sua armadura foi restaurada e foi-lhe acrescentada um colete azul, mas não houve modificações nos seus componentes internos.
Desde aí, a Unidade 00 entrou em combate com muitos mais Angels. Ela cooperou com as Unidades 01 e 02 contra o 9º, 10º e 12º Angels. Durante a batalha com o 13º Angel, o Angel tentou fundir-se com a Unidade 00 a partir do seu braço esquerdo. Foi dada ordem para desacoplar o braço para prevenir isso de acontecer. A Unidade 00 ainda só possuía um só braço quando tentou atacar o 14º Angel com uma Mina N². Falhou e foi derrubada.
Quando o 15º Angel tomou controlo sobre a Unidade 02, Rei Ayanami foi enviada na Unidade 00 para recuperar a Lança de Longinus e usou-a para destruir o Angel. Na sua aparição final, a Unidade 00 foi incapaz de parar o 16º Angel em combate. O Angel ligou-se ao EVA e iniciou uma biofusão. Quando o Angel tentou atacar a Unidade 01, a Piloto Ayanami colocou o EVA em auto-destruição, destruindo a Unidade 00 e o Angel ao mesmo tempo.
À muita controvérsia acerca da identidade da alma da Unidade 00 e de que foi feito. Alguns dizem que foi feito a partir de Adam, o 1º Angel, junto com a alma de Lillith, o 2º Angel.